O ISDCSC tem como finalidade formar canonistas cônscios da sua missão de especialistas no Direito Canônico, com sólida formação nas ciências jurídicas, grande sensibilidade às situações sociais de cada tempo e local, para poderem aplicar o direito com equidade, contribuir na elaboração de novas leis e garantir o desenvolvimento da ciência canonística através da pesquisa, do ensino e da prática jurídica eclesial.

Mediante o estudo do Direito Canônico, o ISDCSC, à luz da VG art. 77, tem como objetivos:

1. cultivar e promover, à luz da Lei Evangélica, as disciplinas canonísticas, seja do Direito Latino seja do Oriental, também na sua evolução histórica;
2. formar, com seriedade e profundidade acadêmica, os alunos nas disciplinas que lhes são próprias, para que estejam plenamente preparados para a pesquisa, a produção acadêmica (através de publicações), o magistério ou para assumir peculiares encargos eclesiásticos, sejam científicos sejam pastorais;
3. promover a formação continuada, ou permanente, no âmbito da ciência jurídico-canônica.
4. tendo presente a necessidade do diálogo da Igreja com a cultura moderna, o ISDCSC deseja ser, também, veículo de reflexão e diálogo no âmbito jurídico, consciente da relação profunda existente entre os sistemas jurídicos, na medida em que o direito, naquilo que há de absoluto e enquanto sinônimo de justiça, é uno.

O ISDCSC, com o intuito de favorecer a pesquisa, pretende, também, manter a sua revista científica (Scientia Canonica) e organizar simpósios ou eventos do gênero, cuja periodicidade será estabelecida pela direção em diálogo com as suas estruturas colegiais.